赵屹/廖奇团队合作发布非编码RNA功能注释线上服务平台ncFANs v2.0 | Nucleic Acids Research
近日，国际知名期刊《核酸研究》（Nucleic Acids Research）在线发表了中国科学院计算技术研究所赵屹研究员课题组与宁波大学医学院廖奇副教授课题组合作开发的线上服务平台ncFANs v2.0 （http://bioinfo.org/ncfans），文章题为“ncFANs v2.0: an integrative platform for functional annotation of non-coding RNAs”。
大量研究表明，在真核生物基因组中存在大量的非编码区域，可转录产生非编码RNA（non-coding RNA, ncRNA）。ncRNA不具备翻译蛋白质的能力，却能够在生命体中起重要的调节作用。但大部分ncRNA的功能仍不清楚。早在2011年，赵屹研究员和廖奇首次提出基于共表达网络对ncRNA进行功能注释的方法（Nucleic Acids Research,2011,39(9):3864-3878），受到广大生物学家和生物信息学家的关注。该研究论文迄今为止引用次数高达408次（截止2021年5月30日Web of Science显示），被评为高被引论文。研究团队基于该方法开发的ncRNA功能注释线上服务平台ncFANs v1.0，引用次数也高达104次（截止2021年5月30日Web of Science显示），为ncRNA的功能注释打开了新的篇章。
随着测序技术的发展，产生了越来越多关于ncRNA的高通量数据，为ncRNA的功能注释提供了更多的信息。为此，课题组决定对ncFANs v1.0进行升级，使其能更准确、更全面地预测ncRNA的功能。
据文章介绍，ncFANs v2.0包含三个ncRNA功能分析模块：ncFANs-NET、ncFANs-eLnc和ncFANs-CHIP。ncFANs-NET是基于4种预先构建的ncRNA-PCG网络而设计的、用于人类ncRNA功能注释的模块。这4种网络分别为共表达网络、共甲基化网络、lncRNA调控网络和廖奇课题组前期提出的基于随机森林预测的相互作用网络（Designing a general method for predicting the regulatory relationships between long noncoding RNAs and protein-coding genes based on multi-omics characteristics.Bioinformatics. 2020 ;36(7):2025-2032）。在ncFANs-NET中，用户只需要输入ncRNA的名字或者ID，选择获取ncRNA-PCG关系的网络并设置相应参数，就可以获得ncRNA相关的PCG及其可能的功能。
ncFANs-eLnc是一个用于鉴定从增强子转录的长链非编码RNA（long non-coding RNA, lncRNA）的模块。在ncFANs-eLnc中，用户可以输入GRO-seq或者RNA-seq数据的比对结果或者从头组装的结果，并指定增强子区域，就可以获取从这些增强子区域中转录出的新lncRNA。这些lncRNA具备与增强子相似的功能，可以促进靶基因的转录活动。
ncFANs-CHIP是在原有ncFANs v1.0基于芯片重注释数据的ncRNA功能注释升级而来的模块，v2.0中提供了更多人和鼠物种的芯片类型。在ncFANs-CHIP中，用户输入原始的基因芯片数据（CEL文件格式），并指定芯片类型，就可以获得重注释后ncRNA及PCG的表达谱。同时，ncFANs-CHIP还提供差异表达分析和共表达网络分析功能，可基于差异表达和共表达关系对ncRNA进行功能注释。
综上所述，ncFANs v2.0集合了多种ncRNA数据来源，不仅可以对ncRNA进行功能注释，还能给出ncRNA可能的调节关系，为ncRNA的调节机制及生物学研究提供便利的分析工具。
ncFANs v2.0工作流程与操作指南详见文章原文：https://academic.oup.com/nar/advance-article/doi/10.1093/nar/gkab435/6288441 。
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